Никитский приход в одноимённой слободе на западной окраине средневекового Ярославля возник не позднее XV века. Слобода с таким названием впервые упоминается в грамоте Василия III от 1511 года. В приходе было два не особо вместительных храма с приделами, посвящёнными Никите Мученику (единственный случай такого двойного посвящения в городе).

На территории храма со II половины XVII века существовал храмовый комплекс из двух храмов. Летний был освящен в честь праздника Сретения Господня и имел боковой придел в честь святого великомученика Никиты. Зимний храм был освящен в честь Архистратига Божьего Михаила с боковым приделом в честь праздника Успения Пресвятой Богородицы. С конца XVII века имеется отдельно стоящая колокольня.

В 1900 - 1903 г.г. летний храм был перестроен, значительно расширен и освящен в честь св. великомученика Никиты. После закрытия храмов в 30-х г.г. храм в честь архангела Михаила был разрушен. Храм св. великомученика Никиты был перестроен, сделано несколько пристроек к северной, восточной и южной стенам храма. До возвращения храма Ярославской епархии в нем находился ремонтный завод организации "Хлебопродукт". В 1998 г. храм был передан верующим, т.к. здание храма было значительно перестроено и частично разрушено, то до настоящего времени в храме идут восстановительные работы. Службы проходят в 1/3 храма, отгороженной от остальной части временной кирпичной перегородкой.