Церковь Богоявления Господня была построена в период с 1684 по 1693. Это прекрасный образец ярославского зодчества кон. XVII в. Кирпичный пятиглавый бесстолпный храм с обходными галереями и шатровой колокольней у северо-западного угла, украшен богатым изразцовым декором. В поисках новых, прогрессивных форм строители церкви отказались от традиционно ярославских столпов со сводами и перекрыли всё пространство её одним коробовым сводом, создав внутри открытое, высокое и светлое помещение. В церкви сохранились росписи 1692-1693 годов. В 1918 году церковь Богоявления Господня была сильно повреждена в ходе мятежа, однако позже отремонтирована и в 1926 передана музею.